Zdjęcia do filmu kręcono w Kiusiu, Sapporo i Tokio (Japonia).
W pierwotnych planach studio TOHO zamierzało nakręcić film podobny do "King Kong kontra Godzilla" z 1962 roku, w którym tytularni przeciwnicy z tamtego filmu stanęliby jeszcze raz ze sobą twarzą w twarz. Film nie powstał, gdyż Turner Entertainment zażyczyło sobie 9 milionów dolarów za prawa do postaci King Konga. TOHO zdecydowało się więc na projekt o nazwie "Godzilla vs Mechanikong". Mechanikong pojawił się wcześniej w "Kingu Kongu no gyakushu" z 1967 roku, gdzie walczył z King Kongiem. Jednakże Turner Entertainment uznało, iż nadal jest to postać zbyt podobna do King Konga i ponowiło żądanie. Wobec tego TOHO zdecydowało się jeszcze raz nakręcić film z największym wrogiem Godzilli, Królem Ghidorą.
Jest to jeden z najbardziej kontrowersyjnych filmów o Godzilli. Krótko po premierze w Japonii kanał telewizji publicznej w Ameryce określił go mianem antyamerykańskiego. Debatowano nad scenami mordowania amerykańskich żołnierzy przez Godzillasaurusa oraz wątkiem złych przybyszów z przyszłości pochodzących z Zachodu. Reżyser Kazuki Omori zdementował fakt jakoby film miał być antyamerykański. W owych czasach zdanie opinii publicznej było bardzo ważne z powodu napiętych stosunków ekonomicznych między Wschodem i Zachodem.